Caractérisation génétique des variétés d’orges locales dans l’Ouest algérien, par l’utilisation des marqueurs moléculaires.

Abstract

La présente étude est considérée comme le premier rapport sur la diversité génétique des accessions d’orge algériennes. Dans ce contexte, un inventaire a été réalisé dans l'ouest de l'Algérie (Nord et Sud) pour recueillir les variétés et accessions locales d'orge (Hordeum vulgare L.) pour leur caractérisation morphologique. Dans sa deuxième partie les semences collectés ont été semés dans des carrés expérimentaux afin de fixer le facteur environnemental et voir son impact sur ses derniers. La caractérisation a porté sur plusieurs accessions à savoir 34 accessions au niveau agro-morphologique (utilisation de 30 caractères quantitatifs et qualitatifs) et au niveau moléculaire (utilisation de 27 marqueurs microsatellites). La diversité phénotypique a été déterminée par l'indice de diversité Shannon-Weaver (H') à différents niveaux (Totalité de l'échantillon, par type d'orge et par nom de variété). Les estimations H' ont montré une grande variabilité phénotypique pour différents caractères avec un H’ moyen de 0,74 pour les caractères quantitatifs et 0,53 pour les caractères qualitatifs (enquête sur terrain), et un H’ de 0.69 pour les caractères quantitatifs et de 0,50 pour les caractères qualitatifs (carré expérimentaux). Les résultats de l'analyse des correspondances multiples et du regroupement hiérarchique ont montré une nette distinction entre les différentes accessions. Les résultats de ce travail ont révélé une grande diversité phénotypique des accessions de l'orge qui ne correspond que partiellement aux noms des variétés en raison de l'existence d'homonymes et de synonymes dans les noms des accessions. Les informations recueillies dans le cadre de cette étude pourraient être utilisées dans des programmes de sélection conventionnelle et de conservation in situ de cette diversité. Au total, 27 marqueurs microsatellites, répartis sur l'ensemble du génome de l'orge, ont été utilisés pour la caractérisation et l'analyse de la diversité des 33 accessions d'orge. 110 allèles ont été identifiés sur les 27 loci génétiques étudiés, avec une moyenne de 4,1 allèles par locus et un contenu moyen d'information sur le polymorphisme (PIC) de 0,46, le marqueur Ebma0806 présentant la plus grande valeur de PIC avec 0,83. La diversité génétique pour 27 loci microsatellites variait de 0 (Bmac 0032, Hvm65 et Hvm14) à 0,84 (Bmag0009 et Ebmac0,806) avec une moyenne de 0,50. La distance génétique entre les accessions variait de 0,02 à 0,85. Le dendrogramme utilisé dans l'étude a montré un niveau élevé de diversité parmi toutes les accessions d'orge. Ces résultats révèlent que les marqueurs choisis étaient suffisamment efficaces pour détecter la diversité des accessions algériennes étudiées. Cette étude nous donne un réel potentiel génétique sur l'orge en Algérie, ce résultat peut être très utile dans la gestion de la biodiversité et l'amélioration génétique. Mots clés : orge, accessions, diversité morphologique, ACP, polymorphisme, marqueurs microsatellites (SSR), Algérie