Caractérisation des ARN longs non codants régulés par la signalisation du TCR dans les lymphocytes T immatures

Abstract

é III

Résumé Introduction : La transcription omniprésente dans notre organisme génère des milliers d'ARN non codants (ARNnc) pouvant réguler l'expression des gènes et jouer un rôle important dans divers processus biologiques tel que le développement. Parmi ces ARN, les long ARN non codants (lncARN) qui restent jusqu'à présent mal caractérisés malgré leurs rôles importants dans la régulation génique. Objectifs : L’objectif principale a été d’identifier et de caractériser les lncARN impliqués dans le développement des lymphocytes T. La présente étude a été menée en se servant des données de séquençage à haut débit de la lignée cellulaire P5424 stimulée par le PMA/ionomycin, générées par le laboratoire de Théories et approches de la complexité génomique (TAGC) à Luminy (Université Aix-Marseille, AMU). Résultats : L'analyse des données de séquençage à haut débit de l'ARN (ARN-seq), nous a permis de sélectionner huit paires de lncARN et gènes codants, voisins co-régulés par la stimulation au PMA/ionomycin, dont trois réprimés et cinq induits. Aussi, l'expression différentielle de ces candidats a été validée par Réaction de Polymérisation en Chaîne (PCR) classique et par la PCR quantitative en temps réel (qPCR). L’étude de la cinétique d'expression des paires lncARN/gènes codants, après la stimulation au PMA/ionomycin, nous a permis de sélectionner des couples lncARN/gènes codants voisins, avec des profils d’expression hautement corrélés, ce qui suggère une régulation par les lncARN. Parmi ces paires, nous avons constaté que XLOC_000895/Bcl2 (B-cell lymphoma 2) présentait une cinétique d'activation très similaire, suggérant un lien fonctionnel de régulation en cis. La délétion de XLOC-000895 (Robnr) par la technique CRISPR-Cas9 affecte l’expression de son gène codant voisin Bcl2. Par ailleurs, l’analyse de ChIP (chromatine immunoprécipitation) pour étudier l'enrichissement H3K4me3 (La tri-méthylation de la lysine 4 de l'histone H3) a révélé que la délétion de Robnr affecte également l'enrichissement en H3K4me3 du locus Bcl2. Conclusions : Nos résultats constituent une première étape dans la caractérisation des lncARN, qui peuvent être impliqués dans la différentiation et l'activation des cellules T. Ils méritent d’être enrichi à l’aide d’études complémentaires, afin de confirmer la contribution spécifique du locus de Robnr au développement des cellules T, et son rôle critique dans la régulation de l'expression du gène Bcl2. Mots clés : lncARN ; ARN-seq ; lymphocytes T ; CRISPR-Cas9