Contribution à l’élaboration d’un souchier bactérien et caractérisation de la flore Bacillus cereus dans le Sud -Ouest Algérien.

Abstract

cereus RESUME Bacillus cereus est une bactérie largement répandue dans la nature, d'origine tellurique. Le sol est un véritable réservoir de cette bactérie. Celle-ci appartient aux bacilles Gram positif, aérobies ou parfois anaérobies facultatifs. Cette espèce saprophyte du sol est également capable de se multiplier et de produire des spores qui lui permettront de persister dans le sol où elle est extrêmement représentée. Dans le cadre de cette thèse, un total de 70 souches de Bacillus spp. et 45 souches de Bacillus cereus sont isolées et sélectionnées à partir de quatre sols rhizosphériques de la région Sud- Ouest Algérien. Cette étude consiste à une identification via une approche phénotypique basée sur l’étude du comportement de ces bactéries, notamment à l’égard de la température. La gamme de température de croissance de toutes les souches isolées est de 15 à 45°C. L’identification phénotypique préliminaire montre une faible diversité des isolats et la dominance dans le sol d’un type spécifique (biotype I). Les études caractéristiques basées sur l’analyse FAME montrent qu’il ya un total de 31 FAMEs différents présents dans les dix souches bactériennes testées dans la présente étude .Les résultats des analyses des Fatty acid methyl ester montrent qu’il ya trois souches bactériennes appartenant au groupe Bacillus cereus sousgroupe « A », les autres souches appartiennent au groupe Bacillus cereus sous-groupe « B ».Ces résultats confirment la faible diversité des isolats et la dominance dans le sol d’un type spécifique (sous groupe « B »). L’origine commune des isolats associés aussi à la pression de sélection exercée par des conditions environnementales, spécialement la température dans le sol, peuvent expliquer la faible diversité des isolats. De plus, au niveau moléculaire les deux souches sélectionnées par les analyses des FAME retenues et identifiées par séquençage du gène de l’ARNr16S sont Bacillus cereus ATCC 14579 et Bacillus thuringiensis serovar konkukian str.97-27 L’efficacité des inocula bactériens est liée à la caractérisation de multiples activités PGP telles que la production de l’acide indole acétique (AIA), de la solubilisation des phosphates, hydrolyse de l'amidon, l'activité protéolytique, de l’activité antifongique ainsi que de la capacité de la formation de bio-film. 100% des souches isolées ont la capacité d’hydrolyser l’amidon et la caséine. Seules dix souches isolées ont la capacité de la production AIA et de la solubilisation de phosphate, 91% des B.cereus sont efficaces envers Aspergillus flavus MNHN 994294. Les souches avaient un caractère hydrophile et hydrophobe moyen selon leurs affinités respectives aux solvants organiques utilisés, et une adhésion plus importante sur un support en verre par rapport à un support en PVC. Mots clés: Bacillus cereus, sol, identification, PGP, biofilm. ABSTRACT Bacillus cereus is a group of bacteria frequently found in soil, widely distributed in the environment. They are a group of ubiquitously facultative anaerobic spore-forming Gram positive rods and are of health and economic benefits. The present study was conducted to identify, characterize about 70 Bacillus and 45 Bacillus cereus from 4 soil plots from southwestern Algeria. This study consists of an identification via phenotypic approach, temperature effect on the maximal specific growth rate was studied in Bacillus cereus, all B. cereus isolates grown from 15°C to 45°C, the preliminary phenotypic identification showed a low diversity of isolates and dominance in the soil of a specific type (biotype I). The characterization studies based on FAME analysis showed that total 31 different FAMEs were present in 10 bacterial isolates tested in the present study. Fatty acid profiles showed that bacterial isolates were classified into Bacillus cereus group, three isolates were Bacillus cereus Subgroup A, remaining isolates were Bacillus cereus Subgroup B. These results confirm a low diversity among the isolates., both the origin of the isolates and the pressure exerted by environmental conditions in the soil can explain the low diversity identified by our results, it has been reported that temperature is assumed to select some bacterial groups. In addition, at the molecular level, the two strains selected and identified by sequencing the 16S rRNA gene are Bacillus cereus ATCC 14579 and Bacillus thuringiensis serovar konkukian str.97-27. The effectiveness of the bacterial inoculum is related to the characterization of multiple PGP activities such as indole acetic acid (IAA) production, phosphate solubilization, starch hydrolysis, proteolytic activity, the antifungal activity as well as biofilm formation. 100% of isolated bacterial strains had amylolytic and proteolytic activity. Only ten strains have the ability to AIA production and solubilization of phosphate, 91% of B.cereus are effective against Aspergillus flavus MNHN 994294.All strains presented a highly hydrophilic and middle hydrophobic character Based on their respective affinities to organic solvents, and adhesion greater in a glass support. Compared with PVC Key words: Bacillus cereus, soil, identification, PGP, biofilm